とわ、せつな、もろはは、妖怪と人間の血を引く半妖はんようの少女たちだ。
幼い頃、森の火事に巻き込まれ、離ればなれになった双子の少女、とわとせつな。とわは、時代樹じだいじゅの時空を越えるトンネルをくぐり抜け、戦国時代から現代へとタイムスリップ。かごめゆかりの日暮ひぐらし家の娘として育てられ、武道に長けた女子中学生に成長した。一方、戦国時代に残された妹のせつなは、妖怪退治屋のお頭となった琥珀こはくの下で妖怪退治を生業にしていた。もろはは、かごめと犬夜叉いぬやしゃの娘。賞金稼ぎとして「化ばけ殺ごろしのもろは」の異名を取り、やはり妖怪退治に明け暮れている。
とわとせつなが別れ別れになってから、10年。時代樹の時空を越えるトンネルが再び開かれた。現代に現れたせつなと再会するとわだったが、せつなは何故かとわのことを忘れてしまっていた。
せつなと共に､現代にやって来たもろはも加わり、とわたち「半妖はんようの夜叉姫やしゃひめ」が、現代を、そして戦国時代を、縦横無尽に暴れ回る！